In den Anfangsjahren hatte die SMD auch einige Kontakte zu Studierenden im Osten Deutschlands. Nach Gründung der DDR war dort aber an eine eigenständige, missionarische Arbeit kaum zu denken. 1957 kam es zur Inhaftierung von zwei SMD-Mitarbeitern wegen „christlich getarnter Spionagetätigkeit“. Daraufhin gab es von Seiten der SMD keine offiziellen Kontakte und auch keine gemeinsamen Freizeiten mehr. Gleichzeitig entstanden im Raum der Landeskirchlichen Gemeinschaften der DDR „Rüstzeiten“ für Studenten. Diese Treffen, zu denen im ganzen Land eingeladen wurde, hatten eine starke missionarische Ausstrahlung. Der „Studentendienst“ etablierte sich als ein kleiner eigenständiger Arbeitszweig des Gnadauer Verbandes, dem Zusammenschluss der Landeskirchlichen Gemeinschaften. 1975 wurde mit Hartmut Zopf ein eigener Hauptamtlicher für diese Arbeit freigestellt. Bald darauf entstanden neue Kontakte zur westdeutschen SMD. Im Dezember 1990, zwei Monate nach der Wiedervereinigung, schlossen sich die beiden missionarischen Studentenbewegungen zu einer gesamtdeutschen SMD zusammen.